V důsledku politické krize, ale i vlny teroru v pohraničí, ponižujícího zacházení s Čechy cizími mocnostmi, se proměnilo ve všeobecnou nenávist vůči Němcům, a zejména vůči Němcům ve vlastní zemi.
Školství představovalo jednu z oblastí života v Protektorátu, kterou chtěli nacisté ovládnout a s její pomocí následně na našem území vychovat osoby smýšlející „říšsky“.
Školy se nacházely pod velkým tlakem, a již v září 1939 byl vydán oběžník, na základě rozhodnutí protektora, který nařizoval ze škol okamžitě odstranit všechny obrazy s legionářskými nebo
prvorepublikovými prvky, či zavřít knihovny. Zavíraly se redakce některých časopisů, které se nehodlaly přizpůsobit „novému pořádku”.
Se stoupajícím tlakem na české školství, se museli všichni učitelé, profesoři, kteří vyučovali dějepis, zeměpis nebo německý jazyk, povinně účastnit přednášek na téma nového dělení Evropy a s novým pojetím dějin a koncepcí výuky.
Německá kontrola nad vzdělávacími ústavy v Táboře vyvrcholila přímím dohledem zemského školního inspektora (Oberschulrata) Gustava Wernera, který měl pod dohledem veškeré dění na protektorátních školách. Gustav Werner pocházel ze Sudet, z českoněmecké rodiny.
28. září 1941 přilétá do Prahy Reinhard Heydrich, coby nový zastupující říšský protektor, a již svým prvním výnosem z toho dne udal směr, jakým se měl život v Protektorátu ubírat. Byl vyhlášen výjimečný stav a stanné právo, které měly ochromit jakékoliv akce osob, které smýšlely protiněmecky.
Školní rok 1941/1942 byl bohužel posledním rokem které byly tradičně zakončeny maturitou. Proto se můžeme pouze domýšlet, jak tuto dobu vnímal Rafael Boušek. V roce 1940, v časopisu Vesmír, je Rafael Boušek stále uváděn jako doktor přírodních věd.
V Táboře ještě uskuteční pro veřejnost přednášku o hadech, což bylo pravděpodobně jeho poslední vystoupením na veřejnosti. Kolem rodiny Boušků, známých to vlastenců, se začala stahovat, s příchodem nového říšského protektora, neviditelná smyčka perzekucí …
